Проводить фестиваль в Зальцбурге не только летом предлагал ещё Хуго фон Гофмансталь, который вместе с Максом Рейнхардтом придумал и впервые устроил Зальцбургский фестиваль. По его замыслу, фестиваль должен проходить ежегодно не только в летнее время, но также и в рождественское время, на Пасху и во время Святой Троицы.
С 1973 года Герберт фон Караян стал организовывать короткие серии концертов во время Святой Троицы для держателей абонемента на Пасхальный фестиваль. Они носили название “Pfingstkonzerte” – «Концерты во время Святой Троицы». Первые «Концерты» были посвящены трём симфониям Антона Брукнера, которые в течение трёх вечеров исполнял Берлинский филармонический оркестр под управлением Герберта фон Караяна. С этого времени и до 1982 года Берлинский филармонический оркестр традиционно исполнял в субботу, воскресенье и понедельник Святой Троицы три оркестровых концерта. После 1983 г. руководство оркестром брали на себя и другие дирижёры (Георга Солти, Сейжи Оцава и Андре Превен). Начиная с 1983 года в фестивале стали принимать участие международные оркестры – Чикагский симфонический оркестр, Лондонский симфонический оркестр и другие. С 1998 г. фестиваль стал проходить под своим нынешним названием – Зальцбургский фестиваль во время Святой Троицы, а в репертуар были добавлены также и оперные постановки. Уже с 1990-х гг. на Зальцбургском пасхальном фестивале отдаётся предпочтение барочному репертуару – например, на фестивале 2005 г. была исполнена опера Генделя «Ацис и Галатея» и его ораория «Соломон». По установившейся на фестивале традиции музыканты играют на исторических инструментах.
С 2007 года по 2013 год художественным руководителем Зальцбургского фестиваля во время Святой Троицы был Риккардо Мути, который, желая показать в ходе фестиваля связь между неаполитанской и австрийской культурой, проводил его под девизом «Зальцбург под стать Неаполю». В течение этих пяти лет на фестивале были поставлены несколько редких опер Неаполитанской оперной школы. С 2014 года художественным руководителем Зальцбургского фестиваля во время Святой Троицы является Чечилия Бартоли, которая каждый год участвует в оперной постановке, которую сначала показывают на Зальцбургском фестивале во время Святой Троицы, а затем повторяются на Зальцбургском летнем фестивале. Так, в 2012 году она исполнила роль Клеопатры в опере Генделя «Юлий Цезарь в Египте», затем исполняла главные роли в «Норме» Винченцо Беллини (в 2013 году), «Золушке» Джоаккино Россини (в 2014 году), а также в опере «Ифигения в Тавриде» Глюка (в 2015 году).